Resumo

Através da parceria entre o Hospital BP – A Beneficência Portuguesa de São Paulo (BP), o Instituto do Coração do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (InCor/HCFMUSP) e a Secretaria de Ciência, Tecnologia e Inovação e do Complexo Econômico-Industrial da Saúde – SECTICS/MS, o presente projeto, “Mapa Genoma Brasil: saúde de precisão em oncologia e cardiologia no SUS” busca contribuir com o Programa Genomas Brasil em duas grandes áreas voltadas às Doenças Crônicas Não-Transmissíveis (DCNT): oncologia e cardiologia. Especificamente, o projeto pretende:

(1) contribuir para a implementação de estratégias de gestão populacional em câncer e doenças cardiovasculares, através da disponibilização de um banco de dados completo, contendo informações genotípicas e fenotípicas dos pacientes atendidos no SUS, o qual possibilitará identificar variantes genéticas associadas à suscetibilidade e ao agravamento dessas doenças e;

(2) qualificar profissionais de saúde em Medicina Genômica e de Precisão.

 

Para uma melhor compreensão, o projeto está estruturado em quatro (4) subprojetos (Subprojeto I – Oncologia; Subprojeto II – Cardiopatias Genéticas; Subprojeto III - Cardiologia Populacional; Subprojeto IV – Qualificação de profissionais da saúde em Saúde de Precisão). Cada um deles será composto por seus próprios objetivos específicos, metodologia, cronograma (entregas, atividades e marcos), organograma e custos associados.

OBJETIVO GERAL DO PROJETO MAPA GENOMA BRASIL

Contribuir para a implementação de estratégias de gestão populacional em câncer e doenças cardiovasculares, através da disponibilização de um banco de dados completo, contendo informações genotípicas e fenotípicas dos pacientes atendidos no SUS e da qualificação de profissionais de saúde em Medicina Genômica e de Precisão.


Introdução

As doenças crônicas não-transmissíveis (DCNT) corroboram para as elevadas taxas de morbidade e mortalidade, correspondendo a 70% dos óbitos mundiais e 72% no Brasil, atingindo principalmente os brasileiros com maior vulnerabilidade socioeconômica devido a maior exposição aos fatores de risco (Brasil, 2021). Dentre as DCNT as cardiovasculares são a de maior índice de mortalidade representando 30% e as oncológicas 17% dos óbitos no país. Estas patologias apresentam fatores de risco modificáveis e não modificáveis. Dentre os fatores modificáveis estão o tabagismo, o consumo excessivo de bebida alcoólica, sedentarismo e obesidade. Nos fatores não modificáveis estão a idade, maior prevalência a partir dos 50 anos, a história familiar e a predisposição genética (Brasil, 2021).

Os avanços tecnológicos associados ao desenvolvimento do Projeto Genoma Humano (PGH) estão viabilizando um maior entendimento sobre a predisposição genética nas DCNT. Com isso, é possível identificar dentre os indivíduos com DCNT aqueles que possuem alterações genéticas que os predispõem às doenças, o que permite a adoção de estratégias de prevenção primária, estimulando a menor a exposição dos indivíduos aos fatores de risco, e de prevenção secundária, com o precoce diagnóstico das patologias. Na última década, observou - se uma redução de 20% nos óbitos no país, o que pode ser atribuído à ampliação da atenção primária à saúde (APS), melhor atendimento e redução do tabagismo (Brasil, 2021).

No Brasil, a publicação do Projeto Genomas Brasil, proposta para o mapeamento genômico dos brasileiros, gerou a oportunidade de reconhecimento dos fatores genéticos no desenvolvimento das DCNT. Além disso, a união entre as informações do genoma com as informações clínicas, de história familiar e moleculares contribui para o estabelecimento da Saúde de Precisão, que é definida como “conjunto de técnicas que utilizam informações clínicas e biológicas do indivíduo ou de subgrupos da população para personalizar o cuidado em saúde.” (Brasil, 2021).

O projeto propõe a disponibilização de um banco de dados, contendo informações genotípicas e fenotípicas de pacientes atendidos no SUS estimulando a incorporação da genética, genômica e saúde precisão às linhas de cuidado em doenças oncológicas e cardiovasculares, através do desenvolvimento de processos, políticas públicas e protocolos clínicos difundidos por meio da qualificação e suporte aos profissionais da saúde dos grupos associados, aliado ao desenvolvimento tecnológico contribuindo com novas formas de diagnóstico e manejo clínico destas doenças. Com o conhecimento e avanços da Genética e Genômica, todos os níveis de atenção deverão ser articulados a esse modelo de atenção para garantir o acesso dos usuários do SUS de todo o território nacional.

A infraestrutura e os recursos necessários para realizar testes genéticos e moleculares avançados podem ser limitados, tornando o acesso a essas tecnologias desiguais, assim como a formação de profissionais de saúde capacitados para interpretar e aplicar os resultados de testes genéticos na prática clínica. É crucial investir na capacitação de médicos, geneticistas, e profissionais de saúde para garantir que a Medicina de Precisão seja adequadamente implementada. Se os profissionais e todos os níveis de atenção tiverem o conhecimento dos processos básicos do atendimento em genética e genômica, as unidades de Atenção Básica à Saúde (UBS) saberão acompanhar famílias que já realizaram testes moleculares em unidades de maior complexidade. Com ações educativas e a possibilidade do uso de estratégias como a Educação a Distância e um repositório on-line de conteúdo, a descentralização do atendimento voltado à Medicina Genômica poderá ser alcançada uma vez que todas essas ações promovem a qualificação de profissionais (Calzone et al., 2018). Além disso, o monitoramento preventivo de indivíduos com riscos maiores devido ao seu genótipo tem o potencial de reduzir custos para o sistema de saúde, especialmente através do diagnóstico de câncer em estadios iniciais (Tonkin et al., 2020). Em conclusão, a Medicina de Precisão oferece uma perspectiva promissora para a melhoria da saúde no SUS. No entanto, sua implementação requer um esforço coordenado para superar desafios técnicos, éticos e educacionais. Com o investimento adequado e a colaboração entre diversos setores, o SUS pode desempenhar um papel importante na promoção da Medicina de Precisão e na entrega de cuidados de saúde mais eficazes e personalizados aos cidadãos brasileiros.

 

OS SUBPROJETOS:

  • Subprojeto I - Oncologia: propõe o mapeamento e registro do perfil clínico, epidemiológico, familiar e genômico de pacientes portadores de câncer de mama, próstata e colorretal atendidos pelos SUS. O perfil clínico e epidemiológico será traçado através do preenchimento de formulários padronizados, REDCap®, e o perfil familiar através da coleta de dados familiares e da construção de heredogramas, enquanto os dados genômicos serão obtidos através do WGS (Whole Genome Sequencing) germinativo e WES (Whole Exome Sequencing) somático tumoral, além da análise de custo-efetividade perante aplicação da saúde de precisão em oncologia no SUS.
  • Subprojeto II – Cardiopatias Genéticas: propõe implementar estratégias com base genômica para aumentar a eficiência diagnóstica, estratificação de risco individual e familiar e do manejo das doenças cardiovasculares (cardiomiopatias, arritmias, dislipidemias, vasculopatias, valvopatias e doenças cardíacas congênitas), além da análise de custo-efetividade perante a aplicação da medicina de precisão em cardiologia no SUS.
  • Subprojeto III - Cardiologia Populacional: propõe desenvolver um algoritmo de escore de risco poligênico para doenças cardiovasculares com dados genéticos, epidemiológicos, clínicos e laboratoriais da população brasileira da coorte ELSA Brasil, para estimar o efeito das variantes genéticas nos fenótipos cardiovasculares quantitativos e qualitativos (Genome Wide Association studies – GWAs).
  • Subprojeto IV – Qualificação de profissionais da saúde em Saúde de Precisão: propõe desenvolver e implementar cursos de qualificação e treinamento em saúde de precisão e implementar um repositório de informações para a educação em saúde e educação permanente.

  • Métodos

    SUBPROJETO I - ONCOLOGIA:

    A população será composta por 1900 casos-índice entre homens e mulheres com idade igual ou superior a 18 anos, não aparentados entre si, com diagnóstico de câncer de mama, próstata ou colorretal, com anátomo patológico positivo, divididos em dois grupos:

    Grupo 1 - serão incluídos 1700 casos índices com diagnóstico de câncer de mama, próstata ou colorretal, derivados de todos os centros participantes, para realização de WGS germinativo (sangue periférico/saliva).

    Grupo 2 - serão incluídos 200 casos-índices para realização do exame WGS germinativo (sangue/saliva) pareado com WES somático (exoma do tecido tumoral). Esses casos serão coletados nos centros participantes localizados no estado de São Paulo, visando a maior estabilidade e qualidade das amostras a serem analisadas, possibilitando armazenamento futuro do material excedente dessas amostras em biobanco.

    Para todos os 1900 casos-índices será realizado o mapeamento do perfil clínico, epidemiológico, familiar e genético por meio da estruturação de um banco de dados prospectivo. As variantes germinativas patogênicas (ou provavelmente patogênicas) identificadas em genes de predisposição hereditária ao câncer serão também rastreadas em até quatro (04), totalizando 1520, familiares de todos os casos-índices dos dois grupos de estudo, através de sequenciamento de Sanger (sequenciamento por eletroforese capilar). Será ofertado aconselhamento genético a todos os voluntários.

    Objetivos:

  • Estabelecer, validar e incorporar às linhas de cuidado e manejo clínico, estratégias de medicina de precisão individualizada doenças oncológicas.
  • Realizar aconselhamento genético pré e pós teste genético aos participantes e familiares, pautado na identificação de variáveis para câncer familiar, propiciando o estabelecimento do score de risco para doenças oncológicas.
  • Caracterizar o perfil clínico, epidemiológico, familiar, equidade e vulnerabilidade social, o rastreamento e frequência de variantes gênicas de pacientes oncológicos e seus familiares.
  • Estabelecer banco de dados com informações genéticas, clínicas, epidemiológicas da população estudada com doença oncológica que serão incorporados ao banco de dados do Programa Genomas Brasil.
  • Testar a custo-efetividade da implementação de diagnóstico molecular para doenças oncológicas em pacientes do SUS.
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    SUBPROJETO II – CARDIOPATIAS GENÉTICAS

    A população será composta por 4000 indivíduos com diagnóstico clínico de uma das seguintes doenças: cardiomiopatias, arritmias, dislipidemias, vasculopatias, valvopatias e cardiopatias congênitas.

    Para os casos-índices das cardiomiopatias, arritmias, dislipidemias, valvopatias e vasculopatias o método de escolha para investigação será o sequenciamento total do exoma (WES) por conta da relação de custo-benefício com o sequenciamento de painéis gênicos. A investigação será complementada pelas análises de MLPA para as dislipidemias e cardiopatias congênitas. O rastreamento familiar em cascata dos até 8000 familiares, quando necessário, será realizado por sequenciamento pelo método de Sanger. Nos casos de cardiopatias congênitas o sequenciamento de genoma completo (WGS) é o mais indicado para examinar as regiões alvos não codificadoras que poderão estar envolvidas. Será ofertado aconselhamento genético a todos os voluntários.

    Objetivos:

  • Estabelecer, validar e incorporar às linhas de cuidado e manejo clínico, estratégias para determinar a base molecular associada às doenças cardiovasculares em modelo de medicina de precisão individualizada.
  • Realizar aconselhamento genético pré e pós teste genético aos participantes e familiares, com profissional médico especializado.
  • Caracterizar o perfil clínico, epidemiológico e familiar, bem como identificar e rastrear variantes em pacientes cardiopatas e seus familiares para determinar o espectro e frequência de variantes encontradas na população avaliada.
  • Estabelecer banco de dados com informações genéticas, clínicas, epidemiológicas da população estudada com cardiopatias; que serão incorporados ao banco de dados do Programa Genomas Brasil.
  • Testar a custo-efetividade da implementação de diagnóstico molecular para doenças cardiovasculares em pacientes do SUS.
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    SUBPROJETO III - CARDIOLOGIA POPULACIONAL

    Serão utilizados dados, feitas análises e sequenciamento de DNA (WGS) de até 11.700 indivíduos da população ELSA Brasil para estimar o efeito das variantes genéticas nos fenótipos cardiovasculares quantitativos e qualitativos (Genome Wide Association studies – GWAs). Estes dados servirão de base para estimativa dos escores de risco poligênico propostos por meio da ferramenta LDPred2.

    A acurácia preditiva dos algoritmos será avaliada de maneira padrão utilizando outras amostras populacionais locais (e.g. Corações de Baependi e Epigen Pelotas) e europeias (e.g. UK biobank). As diferenças de prevalência de variáveis categóricas entre os decis de maior e menor risco genético serão avaliados por qui-quadrado. A razão de chances da ocorrência de doenças cardiovasculares no decil de maior risco versus de menor risco será avaliada por regressão logística multinomial.

    Objetivos:

  • Alimentar banco de dados com informações genéticas, clínicas, epidemiológicas da população estudada para implementar os estudos de GWAS e de avaliação dos escores de risco poligênico.
  • Selecionar e analisar variantes genéticas comuns do genoma completo de até 11.700 amostras sequenciadas.
  • Desenvolver análises para estimar o efeito das variantes genéticas nos fenótipos cardiovasculares quantitativos e qualitativos de interesse em saúde cardiovascular por meio de associações com o genoma completo (Genome Wide Association studies – GWAs).
  • Desenvolver abordagens computacionais de escore de risco poligênico, associação de genótipo-fenótipo de variantes raras e priorização de variantes de interesse clínicos para doenças cardiovasculares com dados genéticos, epidemiológicos, clínicos e laboratoriais da população brasileira da coorte ELSA Brasil.
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    SUBPROJETO IV – QUALIFICAÇÃO DE PROFISSIONAIS DA SAÚDE EM SAÚDE DE PRECISÃO:

    Serão ofertadas 1200 vagas para profissionais da saúde (médico, enfermeiro, biomédico, farmacêutico, biólogo e agente comunitário) em 6 cursos de capacitação e 3 workshops relacionadas a temática do projeto e distribuídos ao longo do triênio 2024-2026:

  • Coleta e Registro de Dados em Medicina Genômica
  • Aconselhamento Genético em Medicina Genômica
  • Introdução à Genética e Genômica: ênfase em oncogenética e cardiogenética.
  • Bioinformática, análise e interpretação de dados em Medicina Genômica
  • Pesquisa clínica e boas práticas em genética e genômica
  • O papel da Genética e Genômica na Saúde: Foco em oncologia e cardiologia
  • Workshop: Os impactos da Inteligência artificial para a Genética e Genômica
  • Workshop: A importância do ESG para a Genética e Genômica
  • Workshop: Bioinformática, análise e interpretação de dados em Medicina Genômica
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    Para as equipes dos centros parceiros que serão responsáveis pela inclusão de pacientes e familiares nos subprojetos I e II será oferecido o programa de treinamento (cursos 1 e 2)  com o desenvolvimento de competências básicas e específicas. Essas competências possibilitarão o recrutamento de voluntários, coleta de amostras e orientação dos indivíduos e familiares a respeito do risco genético.

    Objetivos:

  • Desenvolver um processo de qualificação técnica de equipes que atuam na atenção básica e especializada no SUS para o reconhecimento, identificação e razão da predisposição hereditária.
  • Continuar um repositório de objetos de aprendizagem em medicina genômica e saúde de precisão para a educação em saúde e educação permanente.
  • Realizar treinamento imersivo em aconselhamento genético.
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    Resultados

    O projeto irá trazer como resultados a contribuição com o Programa Genomas Brasil em duas grandes áreas voltadas às Doenças Crônicas Não-Transmissíveis (DCNT): Oncologia e Cardiologia. Além disso, vai contribuir para a implementação de estratégias de gestão populacional em câncer e doenças cardiovasculares, através da disponibilização de um banco de dados completo, contendo informações genotípicas e fenotípicas dos pacientes atendidos no SUS, o qual possibilitará identificar variantes genéticas associadas à suscetibilidade e ao agravamento dessas doenças e qualificar profissionais de saúde em Medicina Genômica e de Precisão.


    Equipe

    • Beneficência Portuguesa de São Paulo

      Liderança

      Mariana Beraldo da Costa Saad


      Equipe

      Adhara Brandao Lima Vanhoz

      Alecsander Alves da Silva

      Andreuza Juliana Lopes

      Bruna Lorena Alves Coelho

      Bruna Palma da Matta

      Carla Vanessa Quirino

      Cristiane da Fonseca Amancio

      Cristina da Silva Sábato

      Daniel Dias Macario

      Delciany Mylla de Aguiar Parente

      Denise de Andrade Saavedra

      Fernanda Adrielle Afonso

      Fernando Alves Alencar de Moura

      Gabriela Marinho da Silva

      Gabriele Perroni dos Santos

      Giselly Lopes Chagas Lourenço

      Janaina Silva da Costa Rodrigues

      Juliano Higino Alves de Souza

      Karina Ramos Valino

      Luanda Guimarães da Silva

      Lucas Campacci

      Maira Jaqueline de Souza

      Matheus Martins Monteiro

      Michele Soares Emílio Arauj

      Natália Costa Braz

      Samara Régia Oliveira

      Talita Reimão Badesso Fonseca

      Tamara Soares Guerra

      Tayne Fernanda Lemos da Silva

      Wellington dos Santos Queiroz

      Ana Cristina Barbosa Dos Santos Reis

      Angelica Nakagawa

      Bianca Domit Wener Linnenkamp

      Bruno de Oliveira Stephan

      Elisangela Aparecida da Silva

      Emanuelle Leonilia Marques

      Fernanda Almeida de Andrade

      Fernando Pacheco Nobre Rossi

      Gardênia da Silva Lobo Oishi

      Giovanna Napolitano

      Heracles Ferreira Dias Coelho

      Ingrid Martinez Nakamuta

      Jéssica Fausto

      Kelvin Henrique Vilalva

      Layara Fernanda Vicente Pereira Lipari

      Lucas Vieira Lacerda Pires

      Luciana Rodrigues Carvalho Barros

      Marco Antonio Gutierrez

      Mariana Lombardi Peres de Carvalho

      Marjorie Hayashida Mizuta

      Mateus de Oliveira Torres

      Matheus Hideo Faria Higa

      Nara Alves Buriti

      Natalia Quintella Sangiorgi Olivetti

      Natalya Pereira

      Paulo Thiago de Souza Santos

      Renata Carmona de Souza

      Renata Sandoval

      Renato Oliveira

      Silas Ramos Furquim

      Vanessa Monteleone

      Vitória Pelegrino do Val


      Colaboração

      Dr. Aguinaldo F. Freitas Jr.

      Dra. Cristina de Deus Anjos Tavares

      Dr. Delvone Freire Gel Almeida

      Dra. Edileide de Barros Correia

      Dr. Edilmar de Moura

      Dr. Hélio Lima Brito Jr.

      Dra. Hilka Flávia Barra do Espírito Santo Alves Pereira

      Dr. Horacio Tamada

      Dr. João M. Ferreira

      Dr. José Fernando Bastos Moura

      Dra. Juliana Ramos Chaves

      Dra. Lídia Zytynski Moura

      Dr. Luís Henrique Wolff Gowdak

      Dr. Paulo Carrara de Castro

      Dra. Silvia Marinho Martins Alves

      Dra. Veridiana Andrade

      Dra. Letícia Elizabeth Augustin Czeczko Rutz


      Área Técnica

      Secretaria de Ciência, Tecnologia e Inovação e do Complexo Econômico-Industrial da Saúde – SECTICS

      Dr. Benedito Mauro Rossi

      Dra. Edenir Inez Palmero

      Dra. Erika Maria Monteiro Santos

      Dr. Fábio de Oliveira Ferreira

      Dra. Gisele Medeiros Bastos

      Dr. Gustavo Cardoso Guimarães

      Dr. José Eduardo Krieger

      Dra. Natália Campacci

      Dr. Pablo Domingos Rodrigues De Nicola

      Dra. Rozana Cicconeli

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